มะละกอ ที่ให้ผลผลิตคุณภาพดี รูปทรงผลสวยงาม เป็นที่ต้องการของตลาดจะเป็นต้นกะเทยหรือต้นสมบูรณ์เพศเป็นหลัก ดังนั้นในการปลูกมะละกอเกษตรกรจึงจำเป็นต้องคัดทิ้งต้นที่ให้ผลผลิตไม่ได้(ต้นตัวผู้)และต้นที่ให้ผลผลิตไม่ตรงกับความต้องการของตลาด(ต้นตัวเมีย) เพื่อลดพื้นที่ในการจัดการดูแล ซึ่งจะกลายเป็นภาระต้นทุนระยะยาวต่อไป
การเลือกเพศมะละกอ โดยทั่วไปมะละกอจะสามารถเลือกเพศหรือระบุเพศมะละกอได้ชัดเจนก็ต่อเมื่อเริ่มออกดอกมาให้เห็น ซึ่งตามลักษณะทางสัณฐานวิทยาแล้ว จะสามารถจำแนกมะละกอออกเป็น 3 เพศได้แก่ ต้นตัวผู้(ดอกตัวผู้) ต้นตัวเมีย(ดอกตัวเมีย) และ ต้นสมบูรณ์เพศ(ดอกกะเทย)
เพศของมะละกอจะส่งผลต่อคุณภาพของผลผลิต เนื่องจากมีความนิยมของตลาดมาเป็นตัวกำหนด เช่น รูปทรง และเนื้อผลในส่วนที่ทานได้ ซึ่งผลมะละกอที่เกิดจากต้นที่ให้ดอกสมบูรณ์เพศหรือต้นกะเทย จะให้ผลที่มีรูปทรงเรียวยาว ทรงกระบอกร่องเปลือกไม่ลึก เนื้อเยอะ ไส้ในค่อนข้างตัน ส่วนผลมะละกอที่เกิดจากต้นตัวเมีย จะมีลักษณะร่องเปลือกลึก ไส้ในกลวง ผลมีลักษณะ ป้อมสั้น น้ำหนักผลผลิตน้อย ส่วนต้นตัวผู้นั้นจะไม่ให้ผลผลิตเลย ซึ่งสามารถสังเกตุลักษณะเพศทั้ง 3 ได้ ดังนี้
1.มะละกอต้นตัวเมีย(ดอกตัวเมีย) ช่อดอกยาวปานกลาง 5-20 เซนติเมตร ดูจากภายนอกดอกยังตูมอยู่จะมีลักษณะดอกป้อม กลีบดอกทั้ง
5 กลีบ จะแยกจากกัน สีเหลืองอมเขียว จะให้ลูกกลมหรือลูกกบ ซึ่งไม่เป็นที่ต้องการของตลาด หรือถ้าสังเกตจากลักษณะต้นก่อนจะออกดอก ก็จะดูว่าต้นไหนเป็นต้นตัวเมีย จากใบและรากหากมีใบใหญ่หนา ต้นกลมใหญ่ และมีรากแขนงออกด้านข้างเยอะแสดงว่าเป็นต้นตัวเมีย
2.มะละกอต้นตัวผู้(ดอกตัวผู้) มีช่อดอกยาวแตกแขนงเป็นสายยาว 70-120 เซนติเมตร ดอกบนช่อเป็นดอกสมบูรณ์เพศที่มีอวัยวะเพศเมียปรากฏอยู่แต่ไม่ทำหน้าที่มีกลีบเลี้ยง 5 กลีบ กลีบดอกสีขาวหรือครีม โคนกลีบเป็นหลอด ปลายกลีบแยกกัน 5 แฉก บริเวณโคนติดกัน
3.มะละกอต้นกะเทย(ดอกสมบูรณ์เพศ) ช่อดอกแตกแขนงสั้น อาจจะประกอบด้วยดอกตัวผู้และดอกสมบูรณ์เพศในช่อดอกเดียวกันก็ได้ แต่ดอกสมบูรณ์เพศก่อนบานจะมีลักษณะเรียวยาว กลีบดอกส่วนที่เป็นหลอดจะหุ้มส่วนของรังไข่ ส่วนกลีบดอกที่แยกกันจะเปิดออกเมื่อดอกบาน